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丹皮一般在移栽后3～5年即可采收，常在9月下旬至10月上旬选择晴天采挖，采挖时先深挖四周将泥土刨开，将根全部挖起，抖去泥土，结合分株，将大、中根条自基部剪下进行加工。

关于丹皮的种植年限，一般3～5年不等，但从经济效益和有效成分综合考虑，在正常年景，对凤丹来说，移栽3年采收较好。综合考虑年产量和有效成分含量，花盛开期产量低，但丹皮酚含量高；而枝叶枯萎期产量高，但丹皮酚含量低，所以如果以提取丹皮酚为目的应在花盛开期采收，此时每667米2丹皮酚产量最高（22.34千克）；如果以生产药材为目的，以枝叶枯萎期即9～10月份采收较佳，此时丹皮酚每667米2产量为14.81千克，丹皮酚含量仅次于花盛期，也符合传统采收期，符合中医长期用药习惯剂量。